不用农药

农药在杀死害虫的同时，还会残留在土壤里和农畜产品中，农药残留会给人体造成危害。自然农业不使用农药，几乎检测不出农药残留，生产出的农畜产品，都是安全食品。食品安全不仅对当代人，而且对子孙后代的健康都非常重要。
自然农业运用趋光灯、酒精、香气、毒草等控制病虫害。应用自然农业的区域，生态环境得到了恢复，病虫害明显减少。
自然农业因为不使用果实增色剂，与一般果实相比，虽然颜色欠佳，有斑点或虫口，但这正是没有使用过农药的有力证据。绝大部分自然农业会员，都获得了政府颁发的低农药或无农药产品证书。

不使用除草剂

使用除草剂除草，在杂草被杀死同时，土壤微生物也惨遭杀害，其毒性也会对人类造成危害，因此，自然农业不使用除草剂。
自然农业利用杂草与杂草之间的竞争，来控制杂草生长。自然农业采用生草和用青草覆盖土壤的方法管理果园。青草能够防止水土流失，保持土壤水分，调节土壤温度，改善土壤通透性，提供微生物的栖息地，生产有机肥，还能控制病虫害。所以说，杂草与作物争夺营养的说法是错误的。

不翻地

自然农业不是使用机械耕翻地，而是利用微生物、蚯蚓和小动物等疏松土壤。机械耕翻只能耕翻20厘米，而蚯蚓却能潜入地下7米深，更为重要的是，蚯蚓的粪便是高级的肥料。
应用自然农业生产方法，由于不耕翻地，土壤深层里的杂草种子，不被翻出地表。也就是说表层土壤的杂草种子发芽枯死后，不会再长出其他杂草。自然农业不除草与不翻地就有这么密切的关系。

不施化肥

自然农业不直接使用化肥，更不提倡用全年施肥总量的一半做底肥。以人为例，在溺爱中成长的孩子较软弱，易生病。作物也一样，刚发芽时施底肥，生长的肯定软弱。自然农业采取的方法，是使作物和家畜，充分发挥自身的潜能，即把自然界供给的活力最大化。
农业生产上使用的氮、磷、钾、钙等，自然农业用农民自作的天然物质来代替。氮素用鲜鱼废弃物代替，磷用芝麻杆来代替，钙用鸡蛋皮来代替，磷酸钙用动物骨头来代替。这样制作的肥料，费用低、肥效好。

不清除家畜的粪尿

自然农业养猪、养鸡，不用清除舍内的粪便，所以也就不需要昂贵的粪便处理设备。落在猪舍、鸡舍地面的粪便，被微生物及时分解而消失。自然农业的猪舍、鸡舍的地面，接触的是泥土，也只有泥土，才能有生命的循环。猪舍的圈面用的是锯末子、泥土和土著微生物，鸡舍的床面用的是稻草和土著微生物。
而现代化养猪、养鸡，畜舍的圈面用的是水泥地面或钢丝网，粪尿对周围环境和地下水的污染非常严重。走近猪舍、鸡舍，恶臭熏天，让人难以忍受。自然农业的养猪、养鸡方法，是否是对我们现代养畜方式的启迪。
自然农业畜舍，在阳光、风、微生物等自然力量的共同作用下，圈面始终保持着疏松的状态，没有臭味，不生蛆，无苍蝇，不污染环境，可以连续使用多年，还能够建在村子里。

无需人工加热

自然农业饲养牲畜的圈舍冬季无需人工供暖，这比燃煤或电加热更能增强牲畜的抗寒能力，真正健康的动物不需要人类无时不刻的照顾。 自然农业养殖的鸡生长周期短，生命力顽强，羽毛浓密，而传统养殖的鸡生长周期长，羽毛稀疏柔软。遇见极其寒冷或恶劣天气，我们可以通过堆肥的发酵产生热量来御寒。

农民自己制作天然饲料

自然农业家畜，不喂市场上卖的配合饲料，而喂农民自己制作的饲料。自然农业养鸡，雏鸡孵化后，开始就喂竹叶和糙米，目的是锻炼鸡的胃肠，增强鸡的消化能力。
自然农业不使用抗生剂、荷尔蒙、着色剂等违反动物自然生长规律的化学添加剂。自然农业用草、米醋、稻皮、米糠、锯末、剩饭剩菜和泥土等，可以加工出辅助饲料。自然农业饲养的猪和鸡，胃肠经过锻炼，不会出现消化不良，不易生病，非常健康。

营养周期论

自然农业是根据"营养周期"理论来管理作物和家畜的。自然农业以"父母"疼爱子女之心，对作物和家畜进行管理。"营养周期"理论对生命体各个生长阶段做出了正确的分析，有助于人们对生命体各生长阶段的特性的理解。肥料和饲料配方，依据的是"营养周期"理论。作物和家畜也和人一样，幼儿期需要氮，青春期需要磷，成人期需要钙。